2006年成立药学院，设立中共重庆医科大学药学院总支部委员会。经学校党委批准，2019年调整设置为中共重庆医科大学药学院委员会。
药学院党委在学校党委的领导下，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以习近平新时代中国特色社会主义思想和党的二十大精神为指导，坚持和加强党的全面领导，坚持党要管党、全面从严治党，牢牢把握立德树人的根本任务，紧紧围绕学院发展稳定中心工作，以党的政治建设为统领，为建设高水平药学院提供坚强的政治保障和组织保障。
药学院党委下设教工第一党支部、教工第二党支部、新靶标与化学干预研究中心教工党支部、本科生党支部、药理学研究生第一党支部、药理学研究生第二党支部、药物分析学研究生党支部、药剂学研究生党支部、药物化学和微生物与生化药学研究生联合党支部、临床药学研究生党支部。
党委书记：蒋君好
纪检委员：邱红梅
青年委员：杨俊卿
