2006年药学院成立，设立中共重庆医科大学药学院总支部委员会。经学校党委批准，2019年调整设置为中共重庆医科大学药学院委员会。药学院党委下设教工支部2个、本科学生支部1个、研究生支部6个。

药学院党委坚持发挥政治核心作用，强化管党治党的主体责任，把方向、管大局、作决策、保落实，以一流党建促进一流学科和一流专业建设。各支部充分发挥战斗堡垒作用，在教学科研和管理一线做出突出贡献；党员积极发挥先锋模范作用，涌现出一批先进典型。

部分荣誉如下：

重庆市第三批学术技术带头人：于超、张景勍（2019年）

重庆市先进工作者：黄家君（2021年）

重庆市优秀党务工作者：邱红梅（2019年）、吴柯（2023年）

重庆市优秀教师：余瑜（2004年）

校先进基层党组织：本科学生党支部（2016年、2019年）、教工支部（2018年）、药学院党委（2021年）、教工第一党支部（2022年）

校首批党建工作样板支部：教工第一党支部（2019年）

校首批“双带头人”教师党支部书记工作室：教工第一党支部邱红梅工作室（2019年）

校共产党员示范岗：药理学教研室（2010年）、药学院办公室（2011年）

校优秀共产党员：刘静、秧茂盛（2010年）、罗文（2011年）、杨俊卿、曹光秀（2016年）、张新健（2018年）、何丹、周丽、董名扬（2019年）、马丽梅、邓涛、李若雨、张昌吉（2021年）、吴柯、胡辉、张丽娟、吴舒怡（2022年）

校优秀党务工作者：蒋君好（2016年）、邱红梅（2018年）、黄家君（2019年）、王婷婷（2021年）、何丹（2022年）

校青年五四奖章：邓萍（2012年）

校青年五四红旗手：刘颜（2012年）

钱惪骨干教师：邓萍（2019年）

校优秀教师：邓萍（2014-2015学年、2016-2017学年、2017-2018学年）、何丹（2011-2012学年）

校优秀导师：余瑜（2011-2012学年）、张景勍（2013-2014学年、2015-2016学年）、于超（2017-2018学年、2018-2019学年）

校优秀科技论文奖：张景勍（2015-2016学年）、于超（2017-2018学年）优秀校创新创业指导教师：陈永洁（2018-2019学年）

院先进党支部：本科学生党支部（2019年）

院优秀共产党员：黄家君、何丹、叶在君、周丽、左建丽、董名扬（2019年）

院优秀党务工作者：王倩、杨祖义、甘宗捷、李毓飞、马璐瑶、王萱（2019年）

2020年7月15日,药学院召开了党员大会，选举产生了药学院党委委员5名。名单如下：

副书记：蒋君好

宣传委员兼纪检委员：邱红梅

青年委员：杨俊卿