历史沿革：药学院药物化学系的前身是成立于1999年的药物化学教研室。药物化学学科在1986年即获得教育部药物化学硕士学位点授权，2000年获批重庆市市级重点学科。在学校和院领导的关心支持下，在老一辈药物化学家李勤耕、胡湘南等教授的带领下，历经二十多年的发展，药物化学学科在药学人才培养和科学研究方面取得了长足的进步。

师资队伍：药物化学系现有教师12人，其中教授3人，副教授/副研究员8人，讲师1人。具有博士学位10人，硕士学位2人，2位教师具有海外访学经历；教师分别来自中国药科大学、四川大学、南开大学、西南大学和重庆医科大学等高校，学缘结构合理。学系现有博士生导师1人，硕士生导师10人；拥有重庆市学术技术带头人及后备人选各1名，重庆药学会药物化学专业委员会副主任委员1名。

人才培养：药物化学系现承担学院药学、临床药学专业及相关硕士研究生主干课程的教学任务，开设了《药物化学》、《天然药物化学》、《药物设计学》、《波谱解析》、《药物化学实验》等理论和实验课程。为研究生教育开设了《药物化学专论》《药物分子设计》《高等有机化学》等课程。学系教师现主持校级一流课程2门（《药物化学》和《波谱解析》），并先后主持省部级、校级教改项目4项，主编、参编国家级规划教材10余部，指导学生参加全国“挑战杯”、药学/中药学全国专业实验技能大赛，全国大学生药苑论坛等比赛并获奖5项。截至目前，已培养硕士、博士研究生百余名，其中多人荣获国家奖学金、重庆市优秀硕士论文等各种奖励；毕业生主要在科研院所、高等院校、国内外著名医药企业药物研发中心和医院药剂科等从事药物开发相关领域的研究及管理工作，就业现状良好，就业前景广阔。

科学研究：近年来本学科在J. Med. Chem、ACSCatal., Eur. J. Med. Chem、Org. Lett.、Chem. Commun.等国际重要学术期刊上发表70余篇高水平SCI论文。先后承担国家自然科学基金、国家新药基金、重庆市自然科学基金、重庆市教委项目、渝中区科委课题十余项。获省部级科技进步二等级2项，三等奖2项。近年来本学科申请并获得授权PCT、国家发明专利多项。

社会服务：本系承担了重庆市执业药师考前培训与继续教育、重庆市药监局监察员培训等工作；同时承担多项校企合作项目等横向课题的研究。

近年来，本系邀请到中国医学科学院郭宗儒研究员、北京大学药学院李仁利教授、上海药物所杨玉社研究员，中国药科大学陆涛教授、徐云根教授、中山大学药学院胡文浩教授、南开大学尚鲁庆教授、成都大学李俊龙教授等专家来校交流访问。

学系主任：甘宗捷

学系副主任：徐标

学系秘书：梁伍

学系成员：余瑜 袁建勇 周辉 徐启贵 商素琴 杜飞 梁伍 马玉莹 陈锡玮 王志鹏