历史沿革：化学系前身为化学教研室，于1956年由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）化学教研室分迁来渝组建，在治学严谨、学术造诣深厚的居秉清、严燊和、徐昌喜等老一辈教授的带领下，化学教研室得到不断发展和壮大。2007年，化学教研室从基础医学院并入药学院，2008年，化学教研室教师分别加入药物分析和药物化学教研室，2019年，组建成立化学系，下设无机化学教研室和有机化学教研室。
师资队伍：化学系现有在编教师18人，其中教授6人，副教授11人，讲师1人，具有博士学位12人，硕士学位6人，博士生导师1人，硕士生导师16人。有国外访学经历6人。1人获重庆医科大学钱悳名师奖，多人次获重庆医科大学优秀教师、优秀硕士生导师称号。
人才培养：化学系承担全校医学相关专业的《医用无机化学》、《医用有机化学》、《医用化学》、药学相关专业《有机化学》、《物理化学》、国际医学院中外合作办学《医用化学》双语、留学生《医用化学》、硕士研究生等课程教学工作，其中《有机化学》、《医用有机化学》为市级精品课程，《医用无机化学》为校级精品课程。先后担任了人卫社、高教社的《有机化学》、《基础化学》、《医用化学》等全国统编教材的主编、副主编和编委，在国内具有较高的影响力；近几年参编教材40余部，参编专著6部，由化学系承担主编的《医用化学》（人卫社）慕课课程正式上线，该教材荣获首届全国教材建设二等奖。作为副主编的《基础化学》（第9版，人卫社）教材获得2022年广西普通本科高校优秀教材特等奖。多人次老师获得药学院、学校讲课比赛二等奖、三等奖。指导的本科生在全国及重庆市技能大赛上获得一等奖5项，二等奖3项。获得校级教学改革成果奖1项，获得各类教学改革项目10余项，经费约70万元。注重产学研的一体化教学，将科研成果“现场快速检测青蒿药材质量的方法研究”应用于本科学生实验教学中，该成果获得全国医药院校药学/中药学世界大学生创新创业暨实验教学改革大赛一等奖。
化学系（教研室）于1986年获得教育部药物化学硕士学位授权点，并面向全国招生。化学系一直重视研究生培养工作，培养的研究生1人获得“第二届全国药学专业学位研究生优秀学位论文奖”，实现了药学院在全国优秀药学硕士论文上零的突破。1人获得“重庆市优秀硕士学位论文”奖，多人次获得国家奖学金、校级优秀论文奖。
科学研究：化学系主要应用色谱-质谱分析、电化学分析、化学计量学等方法开展药物分析研究、食品质量及标准研究、药物动力学研究、药物制剂研究、药物筛选研究。近年来，化学系承担了包括国家自然科学基金、重庆市科委、重庆市教委基金等在内的项目30余项，经费约400万元，与企业合作项目4项，经费约55万元。近几年，在Chemical Engineering Journal，Biosensors and Bioelectronics，Environmental Science & Technology, Briefings in Bioinformatics,Sensors and Actuators B: Chemical，Bioresource Technology，Analytica Chimica Acta，Microchimica Acta，Food Chemistry，Journal of Chromatography A，Analytical and Bioanalytical Chemistry，Nanotechnology，International Journal of Pharmaceutics，European Journal of Organic Chemistry，Journal of Materials Chemistry B，International Journal of Biological Macromolecules，等杂志发表SCI科研论文100余篇。
社会服务：化学系老师参与多项重庆市海关技术中心的食品检验检疫行业标准制定工作，参与重庆市法医验伤所的多项司法鉴定工作。获得国家发明专利20余项，其中专利“一种青蒿中青蒿素的含量测定方法”，受重庆市科委委托举办了重庆市青蒿素快速检测培训班。承担“重庆市药品监督管理局药品检查员专业知识继续教育培训班”基础化学教学及教材编写工作。化学系老师承担多项学术兼职和社会服务工作，包括：重庆市化生类教指委委员，重庆市工程技术药品和医疗器械专业高级职称评审委员会委员，中国交叉学会理事，中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会委员，重庆生物信息学会常务理事重庆药学会药剂专业委员会委员兼秘书，InterdisciplinSciences-Computational Life Sciences杂志（SCI）编委，第46、47届世界技能大赛化学实验室技术项目中国技术指导专家等。
学术交流：化学系多名教师多次参加国内外学术会议并受邀做报告交流，6位老师到国外访问、进修提高，多人次参加各类教学研究培训会。
学系主任：母昭德
学系秘书：周丽平
无机化学教研室主任：陈志琼
有机化学教研室主任：李伟
学系成员：赵华 张永红 陆巍 孙立力 胡雪原 张淑蓉 周静 唐强 蒋启华 梁国娟 李雁武 梁洪文 张东 周鹏飞
