药学院围绕药物的研究、开发和应用，侧重于神经精神药物、抗肿瘤药物、炎症药物、纳米药物等的新理论、新技术、新产品研究，取得了一批具有国际先进水平的科研成果。组建了“神经精神药物研发团队”、“肿瘤药物研究团队”、“炎症和免疫药物研发团队”、“纳米药物研发团队”和“非专利药物新工艺和创新药物研发团队”5个科研团队。学院高度重视产学研的有效结合，与制药企业、科研院所建立了良好的合作关系。近五年来，获得国家自然科学基金、教育部和重庆市科委等纵向课题以及企业委托横向研究项目近百项，经费约6000余万元；申请发明专利43项，获得发明专利授权22项；发表科研论文537篇，被SCI、EI、ISTP等检索系统收录101篇。