重庆医科大学于1981年获药理学硕士学位授权点，1986年获药理学博士学位授权点（西部地区最早的博士点之一）、药物化学硕士学位授权点，2006年获药学一级学科硕士学位授权点，2007年获药学博士后科研流动站，2010年获得药学专业学位硕士学位授权点，2012年自设临床药学、制药工程博士学位授权点；2018年获批为药学一级学科博士点；已形成了“学士-硕士-博士-博士后”完整的药学人才培养体系。

药学学科为重庆市重点学科；在2012年全国学科评估中，我校药学学科在参评高校中排名第20位，列重庆市第1位。2006年，药理学与毒理学学科入选ESI学科排名全球前1%。